La ciudad de San Miguel se mantuvo en Ibatín durante ciento veinte años, desde 1565, año de su fundación, hasta 1685, año de su traslado definitivo a La Toma. Las causas que generaron el traslado fueron diferentes explicaciones: unas vinculadas a la hostilidad de los pueblos calchaquíes pero, como ya hemos analizado estos habían sido derrotados después del segundo levantamiento terminado en 1667. Otras vinculadas a la hidrográfica de la zona con constantes desbordes del río, la mala calidad del agua, las enfermedades endémicas que se generaban.
Cabe advertir que tanto la primera como la segunda explicación por los vecinos que se opusieron a retirarse de Ibatín.